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措手不及的重磅:基因檢測或?qū)⑦M(jìn)入可植入時(shí)代
作者:    來源:    發(fā)布時(shí)間:2016-06-22

我還記得去年在看可穿戴健康設(shè)備的時(shí)候,心中突發(fā)奇想,「現(xiàn)在都有監(jiān)測心率、運(yùn)動(dòng)狀態(tài)和血糖水平的可穿戴設(shè)備了,要是人體的基因突變狀況可以連續(xù)實(shí)時(shí)監(jiān)測的話,那該有多好哇。」以我有限的智商,我能想到的應(yīng)用包括,癌癥的早期篩查和治療后監(jiān)測。要是真可以這樣的話,患者可以時(shí)刻掌握自己的健康狀態(tài)。那真是妙不可言。

當(dāng)然,我一直覺得那僅僅是個(gè)美好的幻想而已。沒想到,竟讓加州大學(xué)圣迭戈分校的Ratnesh Lal團(tuán)隊(duì)實(shí)現(xiàn)了。科學(xué)家們用他們的研究論文再一次給我上了一課:「夢想還是要有的,萬一實(shí)現(xiàn)了呢!」6月13日,Lal團(tuán)隊(duì)的研究成果刊登在《美國科學(xué)院學(xué)報(bào)》上(1)。

Ratnesh Lal教授

實(shí)際上Lal研發(fā)的這個(gè)設(shè)備檢測的內(nèi)容跟23andMe一樣,都是檢測人體特定的基因突變位點(diǎn)(SNPs)。盡管目前科學(xué)家對大部分的SNPs的作用還不是很清楚,但是科學(xué)家也已經(jīng)找到了跟癌癥、糖尿病、心臟疾病、神經(jīng)性疾病、自體免疫和炎性疾病等有關(guān)的特殊SNPs。Lal教授就是研發(fā)了一款可以實(shí)時(shí)檢測跟疾病相關(guān)SNPs的可植入芯片。

這款芯片的結(jié)構(gòu)也很簡單,就是將可以找到特殊SNP的探針固定到石墨烯場效應(yīng)晶體管(field-effect transistor,F(xiàn)ET)上,一旦跟疾病有關(guān)的特定SNP出現(xiàn),探針就會(huì)捕獲它們,電信號(hào)就在這一瞬間產(chǎn)生了。然后芯片會(huì)把信號(hào)發(fā)送到手機(jī)上,提醒用戶體內(nèi)出現(xiàn)跟疾病相關(guān)的基因突變了。這個(gè)時(shí)候,我們就該放下手中的活,去醫(yī)院做進(jìn)一步的檢查了。

僅從原理上看,這個(gè)設(shè)備除了在將來會(huì)具備實(shí)時(shí)監(jiān)測并發(fā)送信號(hào)的功能之外,與傳統(tǒng)的DNA芯片似乎沒有太大區(qū)別。實(shí)際上,這個(gè)設(shè)備遠(yuǎn)沒有這么簡單,它的功夫全體現(xiàn)在細(xì)節(jié)上。細(xì)細(xì)數(shù)來,它具備現(xiàn)在SNPs檢測設(shè)備不具備的三大優(yōu)勢。

首先,與傳統(tǒng)DNA芯片的單鏈探針不同,Lal教授研發(fā)的這款芯片是雙鏈探針,只是在探針和芯片的連接處,有一段兒是單鏈。那些人就要問了,這雙鏈探針怎么捕捉游離的DNA啊?Lal教授對這個(gè)特殊的探針做了改造,那條固定在石墨烯場效應(yīng)晶體管上的鏈?zhǔn)钦5逆湥梢圆东@攜帶特殊SNP的DNA片段;探針上另一條鏈較短,而且經(jīng)過改造,與正常鏈結(jié)合的比較松,當(dāng)攜帶特殊SNP的DNA片段從下面開始跟探針結(jié)合的時(shí)候,那個(gè)短鏈就會(huì)自動(dòng)脫落。據(jù)Lal教授介紹,這種設(shè)計(jì)可以大大地避免探針抓錯(cuò)對象,大幅提高檢測的準(zhǔn)確性。

長度為47nt的雙鏈探針,靠近石墨烯場效應(yīng)晶體管的部分有7nt單鏈。后面是目標(biāo)基因片段結(jié)合探針的過程

其次,將探針連接到石墨烯場效應(yīng)晶體管上這一設(shè)計(jì),將探針捕捉攜帶特殊SNP的DNA片段這一過程,成功的轉(zhuǎn)換成電信號(hào)。這可是DNA動(dòng)力學(xué)與高分辨率電信號(hào)有史以來第一次結(jié)合在一起。就是這個(gè)結(jié)合創(chuàng)造了奇跡,促使利用手機(jī)監(jiān)測體內(nèi)特定基因突變成為可能。

最后,雙鏈探針還有個(gè)巨大的好處。就是可以把探針設(shè)計(jì)的很長。學(xué)過生物的都知道,探針越長,檢測的結(jié)果越準(zhǔn)確。前段時(shí)間韓春雨老師發(fā)現(xiàn)的NgAgo基因編輯技術(shù),就是因?yàn)橐龑?dǎo)部分比CRISPR長了一點(diǎn),準(zhǔn)確性就一下子提高了上千倍。因?yàn)長al教授使用的是雙鏈探針,所以探針本身不會(huì)結(jié)合,這樣探針的長度就可以大大地延長。據(jù)Lal教授論文報(bào)道,他們用過47個(gè)堿基的探針,這可是檢測SNPs歷史上最長的探針了。毋庸置疑,這個(gè)芯片的準(zhǔn)確性又大大提高了。

靶向DNA片段結(jié)合前(左),靶向DNA片段結(jié)合后(右)

本研究論文的共同第一作者Preston Landon表示,當(dāng)前檢測SNPs需要復(fù)雜的設(shè)備,而且過程相對較慢,費(fèi)用較高。他們研發(fā)的這個(gè)芯片相對簡單、快速、價(jià)格低廉,更厲害之處在于,可以配合手機(jī)一起使用,實(shí)時(shí)監(jiān)測體內(nèi)特殊基因突變情況。

據(jù)Lal教授介紹,目前他們的研究還處于早期階段,但是他們已經(jīng)向基因突變實(shí)時(shí)監(jiān)測,并將突變狀況發(fā)送到手機(jī)上邁出了第一步。接下來他們會(huì)進(jìn)一步優(yōu)化技術(shù),并給芯片添加無線連接和傳輸功能。時(shí)機(jī)成熟,他們會(huì)將芯片帶入臨床,并開展液體活檢試驗(yàn)。Lal教授認(rèn)為,他們的這項(xiàng)技術(shù)將引領(lǐng)新一代檢測和精準(zhǔn)治療方法。

從這款設(shè)備的技術(shù)原理來看,這一發(fā)明的確足夠激動(dòng)人心。尤其是在癌癥的早發(fā)現(xiàn)和治療后監(jiān)測上,可以給我們帶來無限的想象空間。而且一旦這項(xiàng)技術(shù)成熟,也會(huì)促進(jìn)癌癥的相關(guān)基礎(chǔ)研究,尤其是在腫瘤的進(jìn)化上。但是從目前來看,它也有一些缺陷。最主要的應(yīng)該就是可同時(shí)監(jiān)測的位點(diǎn)少。另外一個(gè)大問題就是基礎(chǔ)研究目前還沒有跟上,還沒有辦法直接證明基因突變可以預(yù)測發(fā)病的風(fēng)險(xiǎn)。這也是23andMe和FDA鬧別扭的原因所在。

但是無論如何,我對這個(gè)技術(shù)還是非常看好。看看目前液體活檢的發(fā)展趨勢就知道了。6月1日,F(xiàn)DA批準(zhǔn)了羅氏的非小細(xì)胞肺癌EGFR基因突變檢測技術(shù),這是FDA批準(zhǔn)的第一個(gè)液體活檢產(chǎn)品,這就意味著羅氏成為第一個(gè)可以使用液體活檢診斷癌癥的公司。另外,6月4日,位于加州的創(chuàng)業(yè)公司Guardant Health在剛剛閉幕不久的美國臨床腫瘤學(xué)會(huì)2016年年會(huì)上發(fā)布了振奮人心的研究數(shù)據(jù),表明液體活檢有取代組織活檢的實(shí)力。

這些都表明,基因突變與癌癥之間的關(guān)系正在逐漸確立。我們有理由相信,可植入基因突變實(shí)時(shí)檢測設(shè)備遲早會(huì)走進(jìn)我們的生活。